Windows möchte das System nicht teilen und schreibt nur sich selbst in den MS-Bootloader im MBR.
Die grub-Einstellung kann ubuntu reparieren.

Anleitung gemäß ubuntuusers.de:

Mitzugehöriger Ubuntu Live CD booten
Ein Terminal öffnen
Mit:

sudo fdisk -l

Partitionen der Festplatte anzeigen.
Dier Linux-Partition mounten:

sudo mount /dev/sda1 /mnt

(sda1 mit der angezeigten Partition austauschen)

(Wenn Sytem mit separater Boot-Partition muss diese auch gemounted werden:

sudo mount /dev/sda2 /mnt/boot

)

sudo grub-install --root-directory=/mnt /dev/sda1

(sda1 wieder mit der angezeigten Partition austauschen)

Neustart und Test, dann

sudo update-grub

weitere Methoden auf:

http://wiki.ubuntuusers.de/grub_2/reparatur